Bekannt ist der Lagarfljót einer Sage nach durch das Lagarfljótsormurinn, einem Monster, welches in den Tiefen des Sees lebt und als Schwester des im schottischen Loch Ness lebenden Monsters „Nessi“ gilt.
In seiner größten Ausdehnung besitzt der Lagarfljót eine Breite von 2,5km, eine Länge von 35km, eine Tiefe von 112m und birgt ein Volumen von 30.80km³. Hauptsächlich wird er durch die Flüsse Kelduá und Jökulsá á Dal, deren frühere Eismassen zwei große Trogtäler hinterließen sowie 20 weiteren kleinen Zuflüssen gespeist. Seine Trübung hat er den Sedimenten des Gletschers Vatnajökull zu verdanken, die hier eine Mächtigkeit zwischen 10 und 100m besitzen. Der See liegt unter 100m über dem Meeresspiegel, wohingegen die glattgeschliffenen Seitenhänge bis zur Trogschulter eine Höhe von über 600m erreichen. Dies gibt eine Vorstellung über die Mächtigkeit der Eismassen, die ehemals in Richtung Norden in den Nordatlantik geführt haben.